黃檗山萬福寺位于福建省福清市漁溪鎮(zhèn)，創(chuàng)建于唐德宗貞元五年(789年)，至今已有1200余年歷史。這里名僧輩出，是中國禪宗著名的叢林，同時也是日本黃檗宗的祖庭，在中日佛教文化交流史上占有重要的地位。1983年被國務(wù)院確定為漢族地區(qū)佛教全國重點寺院。
唐朝貞元五年(789年)正干禪師在黃檗山修行，開創(chuàng)了般若堂，數(shù)年后改建萬福寺。黃檗山因山上多產(chǎn)檗木而得名。這里風(fēng)景秀美，巖壑幽邃，有香爐、吉禪、寶峰、體盂、羅漢、天柱、文筆等諸峰，林泉幽美，秀艷閩中，后臨濟宗名僧希運法師在此出家，他得法于百丈懷海后，一度任萬福寺。后義玄法師參學(xué)希運，在河北正定縣創(chuàng)立臨濟禪院，使臨 濟宗成為禪宗的得要派別，盛行天下。希運法師之后，有大安、月輪等禪師住持萬福寺。
宋朝時，萬福寺很興盛，至元朝漸趨衰微。明朝時得到復(fù)興。洪武二十三年(1390年)，大休禪師住持萬福寺，在地方官吏的資助下，重修天王殿、大雄寶殿及法堂，使之初步恢復(fù)，但嘉靖三十四年(1555年)，遇倭寇之亂，又被焚毀。萬歷二十九年(1601年)，正圓禪師結(jié)第于此，籌措資金予以重修，初具規(guī)模。萬歷四十二年(1614年)，明神宗御賜藏經(jīng)678函，并敕額“萬福禪寺”及紫衣、白鏹、千金等物，萬福寺得到復(fù)興。
明朝崇禎十年(1637年)，隱元法師任萬福寺住持。隱元(1592-1673年)是明清之際禪宗名僧，俗姓林，福建福清人。
九歲就學(xué)，翌年輟學(xué)，以耕樵為業(yè)，23歲到浙江普陀山朝拜。泰昌元年(1620年)到黃檗山萬福寺出家，拜大休的弟子鑒源法師為師，后四處參學(xué)《法華經(jīng)》、《楞嚴(yán)經(jīng)》，從密云圓悟(1566一1642年)受心印。祟禎四年(1631年)任黃檗山西堂，崇禎十年任住持。隱元法師前后住持17年，開堂說法，僧眾逾千，殿閣宏麗，堂宇周密。
清順治十一年(1654年)，應(yīng)日本佛教界邀請，隱元禪師率僧眾從萬福寺出發(fā)，經(jīng)泉州、廈門，在鄭成功將軍的支持下，東渡日本，到達長崎興福寺01661年，在日本皇室和佛教界的支持下，隱元法師在京都宇治醍醐山麓按福清萬福寺規(guī)模式樣，創(chuàng)建了“黃檗山萬福寺”。隱元法師是繼唐僧鑒真和尚之后又一位中日兩國文化交流的杰出使者。歷代日本天皇相繼敕賜他“大光普照國師”、“佛慈廣鑒國師”、“徑山首出國師”、“覺性圓明國師”、“真空大師”等稱號，在日本人民中享有崇高的威望。隱元博學(xué)多才，精于建筑、醫(yī)藥、詩文、書法，還被日本奉為茶道的中興祖師。
日本的萬福寺至今保存完好，被日本政府列為國家重點文物。它的格局是典型的中國明朝佛教寺院的布局，中軸線上依次是山門、天王殿、大雄寶殿、法堂，兩側(cè)回廊聯(lián)接著鐘樓、鼓樓、伽藍殿、方丈室等，遙相對峙。殿堂內(nèi)的四大天王、彌勒、韋馱、釋迦牟尼等塑像都出自隱元弟子之手，與中國佛教寺院雕塑風(fēng)格相同。寺內(nèi)還有44幅匾額、56幅對聯(lián)，都是隱元、木庵、即非等手書，十分珍貴。如隱元所書“寶殿落成日，壇花出現(xiàn)時”聯(lián)，及“宮殿飛來松隱中，卻容鹵莽掣顛風(fēng)，松仙影里呵呵笑，難得西來一老翁”詩句，都被日本政府列為“國家重要文化財”(國家重點文物)。隱元東渡時，還攜帶了大量經(jīng)典、名人書畫、醫(yī)藥書籍和植物種子等，為促進兩國文化、科學(xué)技術(shù)的交流作出了貢獻。隱元由日本后水尾上皇授以“大光普照國師”稱號。隱元之后，該寺十多代住持都是中國渡日的僧人擔(dān)任。這里的佛事活動、僧人生活至今按隱元傳下來的中國寺廟傳統(tǒng)方式進行，念經(jīng)的發(fā)音都帶有福州方言的味。
目前，日本黃檗宗所屬寺廟達500多座。日本佛教界稱福清市的祖庭為“古黃檗”，稱京都的萬福寺為“新黃檗”。
1979年11月，日本京都黃檗山萬福寺及所屬各寺，以黃檗宗議會議長吉井鳩峰為團長的“日本古黃檗拜塔友好訪華團”一行18人，首次來福清黃檗山拜塔謁祖。
清末以來，黃檗山萬福寺因年久失修，加上山洪暴發(fā)，殿堂盡遭毀壞。中華人民共和國成立后僅留下一座法堂。1983年，萬福寺被列為漢族地區(qū)全國重點寺院，中國佛教界決心予以重修，逐步修復(fù)昔日舊觀。1983年，日本“日中友好臨黃協(xié)會”訪華團一行20人來朝山時，樹立了“日本黃檗山萬福寺開山隱元禪師東渡振錫之地”的石碑，以示紀(jì)念。近年來，日本黃檗宗又多次組團來訪，加深了兩國佛教界的交往和了解，增進了友誼。
1989年5月，中國佛教界成立了福建省福清市黃檗山萬福寺修建委員會，并舉行了破土動工儀式。目前，第一期工程已初步結(jié)束，在原法堂基礎(chǔ)上翻修成觀音堂，并建起了隱元堂。第二期工程準(zhǔn)備修復(fù)天王殿、大雄寶殿、法堂，第三期工程再籌資修復(fù)兩側(cè)功德堂、方丈室、禪堂及廂房等建筑。
1992年，萬福寺有8名常住僧人，廣濟法師任監(jiān)院。1992年是隱元法師誕辰400周年紀(jì)念，6月24日萬福寺舉行了盛大法會，紀(jì)念這位中日佛教界的友好使者。當(dāng)天，日本黃檗宗第四次友好訪問團一行78人，專程前來參加這一盛會，受到福建省佛教界的熱情接待。法會上，華僧和日僧共同唱念佛經(jīng)，焚音嘹亮，久久回蕩在殿堂和群山之中。千年古剎，彩旗似海，觀眾如潮，盛況空前。
1995年6月20日，日本黃檗宗隱元紀(jì)念堂落成法要特別訪華團一行33人來福清市黃檗山萬福寺參加隱元紀(jì)念堂落成典禮。有關(guān)方面負(fù)責(zé)人和福清各界200多人參加了慶典儀式。
遠看黃檗山隱元紀(jì)念堂紅色的建筑群在碧綠叢中分外醒目，近看中國佛教協(xié)會會長趙樸初居士題寫的“隱元紀(jì)念堂”金光閃閃的匾額，使紀(jì)念堂更加莊嚴(yán)肅穆，隱元禪師的雕像端坐在紀(jì)念堂中，坐像兩旁懸掛著日本朋友贈送的字畫和錦旗。法會在鐘聲、鼓聲、梵音聲中開始，日本朋友在日本黃檗宗前宗務(wù)總長內(nèi)藤文雄長老帶領(lǐng)下參加了由萬福寺監(jiān)院廣濟老法師主持的佛事活動。福清市政協(xié)主席邱玉清先生、福建省佛教協(xié)會副會長傳常法師、黃檗山萬福寺監(jiān)院廣濟老法師等分別講話歡迎日本朋友的到來，并向日本黃檗宗前事務(wù)總長內(nèi)藤文雄長老和奉納者山岡容治先生表示感謝。隨后，中日雙方代表為隱元紀(jì)念堂落成剪彩，共同祝愿中日兩黃檗的友誼萬古長青。
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